Penelitian terhadap dokumen Vereenigde Oost-Indische Compagnie (VOC) selesai dilakukan tahun 2004. Adapun penelitian terhadap dokumen lain dari Belanda, Portugis, China, dan negara lainnya tahun 2005, Indonesia memiliki sekitar 460 situs arkeologi bawah air.
Meskipun demikian, survei Panitia Nasional Benda Berharga asal Muatan Kapal Tenggelam (BMKT) tahun 2008 baru menemukan tiga situs. Organisasi Pendidikan, Ilmu Pengetahuan, dan Kebudayaan Perserikatan Bangsa-Bangsa atau UNESCO menyatakan, Indonesia memiliki sekitar 500 situs arkeologi bawah air. Adapun penelitian terhadap dokumen VOC ada sekitar 274 situs bawah air.
Ratusan kapal sejak abad ke-7 hingga abad ke-19 diduga tenggelam di perairan Indonesia dan barang-barang yang diangkutnya menjadi benda cagar budaya (BCB). Walaupun dibolehkan, pengangkatan BCB itu harus memenuhi kaidah-kaidah arkeologi.
sejauh ini Indonesia belum mempunyai peta persebaran BCB peninggalan bawah air. Yang sudah ada, sejak tiga tahun lalu, perusahaan asal Portugis, Arqueonantas Worldwide, sudah tiga tahun terakhir melakukan survei arkeologis bawah laut, dengan sampel kawasan di perairan Bangka Belitung. Kalau penelitian tuntas, Indonesia akan punya peta persebaran BCB bawah laut
Nunus Supardi mengatakan, Indonesia merupakan jalur pelayaran yang ramai sejak abad ke-7. Pelayaran waktu itu menggunakan teknologi dan peralatan yang sederhana sehingga sering terjadi kecelakaan kapal.
Beberapa titik yang diduga banyak kapal tenggelam, kata Nunus, antara lain di Karang Keliputan dan Pulau Buaya (Riau), Kepulauan Seribu (Jakarta), Batu Hitam (Belitung), perairan Cirebon (Jawa Barat), Kalimantan Barat, dan tempat lainnya.